एनसीजीटीसी की सामूहिक संरचना कई प्रकार की गारंटी-योजनाओं का संचालन एक व्यापक संगठन के अधीन करने की दृष्टि से तैयार की गयी है। इसका उद्देश्य विभिन्न संसाधनों जैसे प्रौद्योगिकी, परिसर, जनशक्ति, जोखिम प्रबंधन समाधान तथा अन्य सहायक सेवाओं को साझा करके परिचालनगत दक्षता तथा पैमाने की मितव्ययिता हासिल करना है। अतः एनसीजीटीसी का इरादा सरकार के व्यापक वित्तीय समावेशन कार्यक्रम के एक हिस्से के रूप में अनेक प्रकार की गारंटी योजनाओं का प्रबंधन करना है। इसमें अर्थव्यवस्था के विभिन्न वर्ग व घटक शामिल होंगे, जैसे विद्यार्थी, सूक्ष्म उद्यमी, महिला उद्यमी, एसएमई, कौशल व व्यावसायिक प्रशिक्षण आवश्यकताएं आदि।

वर्तमान में, एनसीजीटीसी के प्रबंधन के अंतर्गत बीस समर्पित ऋण गारंटी ट्रस्ट हैं, अर्थात्: शैक्षिक ऋणों के लिए क्रेडिट गारंटी फंड योजना (सीजीएफईएल), कौशल विकास के लिए क्रेडिट गारंटी फंड योजना (सीजीएफएसडी), फैक्टरिंग के लिए क्रेडिट गारंटी फंड योजना (सीजीएफएफ), सूक्ष्म इकाइयों के लिए क्रेडिट गारंटी फंड (सीजीएफएमयू) और स्टैंड अप इंडिया के लिए क्रेडिट गारंटी फंड (सीजीएफएसआई), आपातकालीन क्रेडिट लाइन गारंटी योजना (ईसीएलजीएस), लघु एवं मध्यम वित्तीय संस्थानों के लिए क्रेडिट गारंटी योजना (सीजीएसएमएफआई), कोविड प्रभावित क्षेत्रों के लिए ऋण गारंटी योजना (एलजीएससीएएस) और कोविड प्रभावित पर्यटन सेवा क्षेत्र के लिए ऋण गारंटी योजना (एलजीएससीएटीएसएस) और स्टार्टअप्स के लिए क्रेडिट गारंटी योजना (सीजीएसएस), कॉर्पोरेट ऋण के लिए गारंटी योजना (जीएससीडी), कम आय वाले आवास के लिए क्रेडिट जोखिम गारंटी फंड ट्रस्ट (सीआरजीएफटीएलआईएच), एमएसएमई के लिए पारस्परिक क्रेडिट गारंटी योजना (एमसीजीएस-एमएसएमई), ई-एनडब्ल्यूआर आधारित गिरवी वित्तपोषण के लिए क्रेडिट गारंटी योजना (सीजीएस-एनपीएफ), निर्यातकों के लिए क्रेडिट गारंटी योजना (सीजीएसई), सूक्ष्म वित्त संस्थानों के लिए क्रेडिट गारंटी योजना -2.0 (सीजीएसएमएफआई-2.0), क्रेडिट पुनर्भुगतान गारंटी उप-योजना (सीआरजीएसएस), ई-कॉमर्स निर्यातकों के लिए क्रेडिट सहायता। (CAECE), उभरते निर्यात अवसरों के लिए समर्थन (SEOE), आपातकालीन ऋण गारंटी योजना (ECLGS) 5.0। कुल मिलाकर, इन बीस ट्रस्टों के पास 30 नवंबर, 2025 तक ₹ 94222.50 करोड़ का प्रतिबद्ध कोष है।