एनसीजीटीसी की सामूहिक संरचना कई प्रकार की गारंटी-योजनाओं का संचालन एक व्यापक संगठन के अधीन करने की दृष्टि से तैयार की गयी है। इसका उद्देश्य विभिन्न संसाधनों जैसे प्रौद्योगिकी, परिसर, जनशक्ति, जोखिम प्रबंधन समाधान तथा अन्य सहायक सेवाओं को साझा करके परिचालनगत दक्षता तथा पैमाने की मितव्ययिता हासिल करना है। अतः एनसीजीटीसी का इरादा सरकार के व्यापक वित्तीय समावेशन कार्यक्रम के एक हिस्से के रूप में अनेक प्रकार की गारंटी योजनाओं का प्रबंधन करना है। इसमें अर्थव्यवस्था के विभिन्न वर्ग व घटक शामिल होंगे, जैसे विद्यार्थी, सूक्ष्म उद्यमी, महिला उद्यमी, एसएमई, कौशल व व्यावसायिक प्रशिक्षण आवश्यकताएं आदि।

वर्तमान में, एनसीजीटीसी के प्रबंधन के तहत चौदह समर्पित क्रेडिट गारंटी ट्रस्ट हैं। शैक्षिक ऋण के लिए क्रेडिट गारंटी फंड योजना (सीजीएफईएल), कौशल विकास के लिए क्रेडिट गारंटी फंड योजना (सीजीएफएसडी), फैक्टरिंग के लिए क्रेडिट गारंटी फंड योजना (सीजीएफएफ), सूक्ष्म इकाइयों के लिए क्रेडिट गारंटी फंड (सीजीएफएमयू) और स्टैंड अप इंडिया के लिए क्रेडिट गारंटी फंड (सीजीएफएसआई), आपातकालीन क्रेडिट लाइन गारंटी योजना (ईसीएलजीएस), एमएफआई के लिए क्रेडिट गारंटी योजना (सीजीएसएमएफआई), कोविड प्रभावित क्षेत्रों के लिए ऋण गारंटी योजना (एलजीएससीएएस) और कोविड प्रभावित पर्यटन सेवा क्षेत्र के लिए ऋण गारंटी योजना (एलजीएससीएटीएसएस) और स्टार्टअप के लिए क्रेडिट गारंटी योजना (सीजीएसएस), कॉर्पोरेट ऋण के लिए गारंटी योजना (जीएससीडी), कम आय वाले आवास के लिए क्रेडिट जोखिम गारंटी फंड ट्रस्ट (सीआरजीएफटीएलआईएच), एमएसएमई के लिए म्यूचुअल क्रेडिट गारंटी योजना (एमसीजीएस-एमएसएमई), ई-एनडब्ल्यूआर आधारित प्लेज फाइनेंसिंग के लिए क्रेडिट गारंटी योजना (सीजीएस-एनपीएफ)। संचयी रूप से, इन चौदह ट्रस्टों के पास 31 दिसंबर, 2024 तक ₹ 89,722.50 करोड़ का प्रतिबद्ध क्रेडिट गारंटी कोष है।